Você é novo no mundo da programação ou está querendo migrar para o desenvolvimento web e não sabe por onde começar?Antes de mais nada, é preciso dizer que não existe uma regra para responder a esse tipo de pergunta. O que existe são alguns parâmetros que você pode levar em consideração para refletir e tomar uma decisão mais assertiva de acordo com a sua situação.
1) Você está iniciando no mundo da programação
Você está começando e notou que a maioria dos cursos oferece um conteúdo relacionado ao HTML antes de qualquer outro. Isso acontece pois o HTML é uma das linguagens de marcação mais antigas e muito simples de usar, tornando-o um candidato perfeito para inicia-lo no mundo da computação.
Já CSS está diretamente ligado ao HTML. Antes dele, o HTML era usado tanto para criar a arquitetura de conteúdo quanto para formatar a apresentação para o usuário, com a junção de tags e atributos. Contudo, ainda não existia uma forma de alterar o estilo total de uma página ou site, tudo tinha de ser feito manualmente, o que limitava o processo. Com o CSS, a especificação e a flexibilidade aumentaram e se tornou mais simples e fácil ajustar só o conteúdo de um site ou apenas seus elementos visuais.
Por último vem o JavaScript, que auxilia a criação de sites dinâmicos, permite a criação de entrada e saída de dados não vinculados a pagina e muitas outras funcionalidades. Isso não quer dizer que você não pode começar pelo JavaScript, pois as estruturas lógicas já permitem a criação independente módulos e interação com a tela.
2) Você quer ou precisa trabalhar com criadores de sites
Algumas plataformas de sites, os gerenciadores de conteúdo (conhecidos por CMS), permitem que os usuários editem e acrescentem elementos e informações por meio de um editor CSS. Se você tem a intenção de se especializar na construção de sites em ferramentas como essa, ou se o seu site já está nessa plataforma, pode ser uma boa ideia começar pelo CSS.
Claro que para ter um controle melhor sobre as customizações do site e tudo mais, talvez seja bom você ter bons conhecimentos de HTML e JavaScript (e até PHP) para se tornar um expert neste tipo de sistema de gerenciamento de conteúdo.
3) Você quer focar em Web Design
No caso da maioria dos webdesigners, além de ser muito bom com Corel Draw, Photoshop, Ilustrator entre outras ferramentas de criaçao de imagens, você precisará ter um bom entendimemento de HTML e CSS para saber trabalhar com posicionamento, efeitos e cores da página.
Uma coisa que é importante saber desde o começo é que muitas coisas criadas em HTML e CSS são muito mais leves que imagens, então é vale a pena começar com essas duas tecnologias em seus estudos. Após ter dominado os dois, vale a pena ter conhecimentos do JS e de quais bibliotecas você pode se valer para criar efeitos, animações e outras ferramentas que melhorem a aparecia do site.
4) Você quer trabalhar com aplicativos para dispositivos móveis
Aplicativos para dispositivos móveis como são uma tendência forte no mercado de trabalho e isso gerou uma explosão de tecnologias, vagas de trabalho e cursos de especialização na área. Atualmente é possível utilizar frameworks focados em HTML, CSS e JS que se ajustarão para cada dispositivo móvel, permitindo um desenvolvimento único para todos.
Caso essa seja uma área que você deseja trabalhar, você pode começar utilizando os componentes do framework escolhido e com isso, um conhecimento básico/intermediário de HTML e CSS já serão o suficiente. Ao contrário das opções mencionadas anteriormente, aqui o foco será o JavaScript, pois a criação e de eventos e possivelmente comunicação com um servidor exigirão um conhecimento mais aprofundado da linguagem.
5) Você quer trabalhar em uma plataforma com conhecimentos específicos.
Para quem ainda não tem certeza em relação ao que quer, o melhor conselho é começar com algo mais geral, muito utilizado e documentado e que possibilite trabalhar em diversos ambientes. Mas se você já está pensando em atuar em um ambiente ou plataforma específica, e que use uma determinada linguagem para rodar, pode ser uma boa ideia estudá-la com mais afinco.
Você pode até aprender outras linguagens, mas, se quer se especializar em uma aplicação que utiliza JavaScript, então pode ser melhor começar por ele! Não há como errar aprendendo uma linguagem de programação ou outra, mas pensando nessas questões, você poderá priorizar o que aprender primeiro ou onde se dedicar mais!